Първите сведения за съществуването на манастира датират от IV век. Тогава мястото, на което е разположена днес скалната църква, е било използвано от неизвестен християнски владетел и велможите му, като скривалище от византийските войски.

Скалните пещери са били и убежище на Св. Сава. Легендата разказва, че когато светецът тръгнал на път за Ерусалим, Великите пости го заварили на това място и той прекарал тук 40 дни. Съгласно преданията, в резултат на неговия престой, мястото е придобило святост и от тогава до днес от скалата извира лековита вода.

По време на Османското робство тук не веднъж са отсядали Апостола на свободата Васил Левски и съратника му отец Матей Преображенски. Между 1950 и 1960 година в двора на манастирското стопанство, по писмен документ, цитиращ отец Матей, е открит гробът на четник, участвал в едно от сраженията в околностите на манастира. В този район са се водили и множество битки по време на Сръбско-българската война.

В началото на 20 век, манастирското стопанство и скалната църква са били необитаеми и изоставени на въздействието на времето. през 1947 година тук пристигат три монахини, между които е и единствената останала днес монахиня. Те заварват стопанските постройки почти разрушени, а безценните стенописи в скалната църква - напълно унищожени. С течение на времето четирите монахини, с помощта на живеещите в околните села хора, успяват да възстановят манастира напълно и да построят нови сгради, а също така, да реконструират и разширят скалната църква.